Tras haber pasado por Santiago, Chile, y residido por breve lapso en Mendoza. Alli abrigó la idea de pasar inmediatamente hacia Buenos Aires para ver a su mujer muy enferma desde tiempo atrás.
Cuando se propuso continuar su viaje hacia la Capital para ver a su mujer que lo llamaba, no pudo realizar su deseo porque en Mayo, al disponerse a partir, le avisaron que en el camino había gente armada para prenderlo.
Remedios falleció en Buenos Aires el 12 de Agosto de 1823, sin que su esposo pudiera estar junta a ella a la hora de su muerte. Así terminó aquella abnegada mujer, lejos de su marido, como había empezado su vida conyugal.
Como se ve San Martín dice que ha perdido no solo a una mujer, sino “una amiga” difícil de reemplazar.
Guido le aconseja que evite el viaje a Buenos Aires y que sea Merceditas quien viaje, pero a Mendoza. A pesar de ello, San Martín comprendió que debía partir a Buenos Aires, con el objeto de recoger a su única hija para educarla y alejarse con ella a Europa; si es que podía arreglar sus escasos recursos.
En aquella hora de soledad, sintió la necesidad de un cariño.
El 4 de diciembre de 1823 llegó a Buenos Aires. Allí honró la memoria de Remedios, fallecida poco antes, mandando a construir en recoleta el sepulcro para los restos de Doña Mercedes, y colocó sobre la tumba una inscripción que dice "aquí yace Remedios Escalada esposa y amiga del Gral. San Martín".
En febrero siguiente partió desde el puerto de Buenos Aires a Europa con su hija Mercedes para atender su educación escolar.
Su expatriación había comenzado y no finalizaría hasta veintiséis años después.
En 1828 pretendió volver por poco tiempo a Buenos Aires, pero las discordias civiles lo determinaron a no desembarcar.
Sin haber descendido en Montevideo, San Martín llegó a Buenos Aires el 6 de Febrero de 1829.
El viaje resultaba un nuevo fracaso en su vida, y antes de haber llegado a su patria, ya pensó en regresar a las tierras lejanas de su exilio debido a las informaciones respecto de la situación del país.
Conocida en Buenos Aires, la noticia del viaje del libertador, quien viajaba bajo el nombre de José Matorras, los políticos empezaron a discutir con desconfianza sobre el misterioso viaje. Muchos viejos amigos que habrían deseado verlo, prefirieron mantenerse en una expectativa prudente y temerosa.
Solo unos pocos lo visitaron, Manuel Olazabal, el mayor Alvarez Condarco. Cuando los visitantes subieron a bordo la emoción de ellos y del general fue extraordinaria. Luego que San Martín leyera una carta de Tomás Guido donde le contaba la desastrosa anarquía del país dijo: “Yo supe en Río de Janeiro de la revolución de Lavalle, y en Montevideo del fusilamiento de Dorrego. Entonces decidí venir solo hasta las balizas para arreglar algunos asuntos y regresar a Europa.... ¿mi sable? Jamás se desenvainará en una guarra civil”.
Era el mismo patriota austero de sus grandes días.
Por aquella época, consideró vergonzosa la paz con Brasil. San Martín no quiso esperar ni desembarcar, resolvió volverse a Montevideo.
Asma, úlcera, reumatismo, cólera... Los problemas de salud siempre lo persiguieron, incluso en plena batalla.
El 9 de junio de 1819, San Martín le escribe desde Mendoza a su íntimo amigo Tomás Guido. "Quince días hace que me hallo postrado en cama de resultas de una fístula producida por unas almorranas agangrenadas: en el día sigo con alivio y los facultativos me aseguran que en breves días estaré enteramente curado", señala con lenguaje de época.
En su profusa correspondencia con Guido, el general se queja permanentemente de su salud. "La úlcera fue la principal patología de San Martín, en que una hematemesis marcó la iniciación clínica, hasta el 17 de agosto de 1850, en que una nueva hemorragia lo llevó al deceso", escribe el doctor Mario Dreyer, miembro de número de la Academia Sanmartiniana.
Dolores de estómago, vómitos de sangre, hemorroides, reumatismo, tos constante. Para calmar ese suplicio cotidiano recurría al opio, como lo dice Guido, según consigna el historiador José Luis Busaniche en su libro San Martín visto por sus contemporáneos. Guido y Juan Martín de Pueyrredón le suplicaron al general que tratase de dejar el opio, pero en aquellos tiempos sólo esta droga podía atemperar su sufrimiento.
Según Dreyer, ya en 1808 comenzaron a perseguirlo las enfermedades. Ese año, todavía en España, San Martín sufrió fuertes acceso de asma. En América, el primer ataque lo padeció en Tucumán, cuando era jefe del Ejército del Norte. Se llegó a temer, también, que padeciera tuberculosis, pero esta hipótesis fue desmentida por la realidad. Bartolomé Mitre y Ricardo Rojas, dos de sus biógrafos, afirman que si San Martín hubiera sufrido esta enfermedad, no habría podido soportar los intensos fríos ni mucho menos escalar montañas en los Pirineos y en los Andes.
En cambio, el reumatismo lo aquejó desde joven. "Es indiscutible que San Martín tuvo numerosos ataques reumáticos: se calculan unos diez o doce los sufridos durante su vida. El doctor Aníbal Ruiz Moreno ha realizado un exhaustivo trabajo - dice Dreyer -. Dice que en la batalla de Chacabuco, San Martín estaba aquejado de un ataque reumático-nervioso que apenas le permitía mantenerse a caballo."
Numerosas heridas y enfermedades padeció a lo largo de su vida. Una de las heridas más delicadas la sufrió fuera de los campos de batalla, cuando fue asaltado en España y recibió un cuchillazo en el pecho. Contrajo varias enfermedades infecciosas.
Su frugalidad y su vida ascética en Europa ayudaron para que sus enfermedades - que la medicina de hoy calificaría como de origen psicosomático - no lo maltrataran tanto. En Francia, San Martín y su hija Mercedes contrajeron cólera. Y más adelante, en sus años de vejez, la tortura mayor del general fueron las cataratas, que lo dejaron casi ciego.
Tras vivir un tiempo en Bélgica, se radicó en Francia, donde tenía una modesta vivienda en París y una confortable casa de campo en la cercana Grand Bourg. Allí vería crecer a sus nietas - hijas de Mercedes y de Mariano Balcarce -, recibiría la visita de americanos deseosos de conocerlo y honrarlo, como Sarmiento y Alberdi, y mantendría correspondencia, entre otros, con Bernardo O’Higgins, Tomás Guido, el peruano Ramón Castilla y Juan Manuel de Rosas.
Enterado en 1838 del bloqueo impuesto por una escuadra francesa al puerto de Buenos Aires, le escribió una carta al Gobernador Juan Manuel de Rosas ofreciéndole sus servicios militares: contaba entonces con sesenta años. Rosas le agradeció el gesto pero a cambio, le pidió que lo ayudase haciendo gestiones en Francia.
Antes de trasladarse definitivamente a su casa de Boulogne-sur-Mer, San Martín vendió se residencia de Grand Bourg con el objeto de irse de Francia, pero la enfermedad no se lo permitió.
En todo momento se mostraba interesado por conocer los acaeceres de los países que había libertado y en más de una ocasión tomó enérgica posición contra sus agresores europeos.
Aquejado por diversas enfermedades, que habían minado su resistencia en los últimos años, falleció el 17 de agosto de 1850 en Boulogne-sur-Mer, donde poco antes se había establecido transitoriamente con su familia. “Es la tempestad que lleva al puerto” alcanzó a decir en el lecho de su hija, antes de ser llevado al suyo, donde murió.
En el tercer punto de un testamento escrito a mano seis años antes de su muerte, menciona el sable; San Martín donde nombra heredera universal a Mercedes, establece que el sable “que me ha acompañado en toda la guerra de la Independencia de América de Sud, sea entregado a Juan Manuel de Rosas por haber luchado contra el bloqueo anglo-francés”. También pidió que no le hicieran ningún homenaje en los funerales y que lo condujeran al cementerio sin acompañamiento, pero expresó se deseo de que su corazón fuera depositado en Buenos Aires.
Sus restos fueron depositados en una cripta de la catedral de Nuestra Señora de Boulogne y, en 1861 en el panteón familiar del cementerio de Brunoy antes de ser repatriados. En 1862 Buenos Aires alzó su estatua ecuestre y en 1880 sus restos fueron traídos a esta ciudad, como él lo deseó.